根据《中华人民共和国食品安全法》的规定，食品经营企业发现食品已经变质或者超过保质期的，应当立即下架，停止销售，就地销毁，不得退回供货商或者生产者，并建立销毁记录台账，有害食品罪是指生产者、销售者违反国家食品卫生管理法规，故意在生产、销售的食品中掺入有毒、有害的非食品原料的或者销售明知掺有有毒、有害的非食品原料的食品的行为，不仅指行为方式（生产、销售）选择，也包括犯罪对象（有毒、有害食品）选择，在司法实践中，不能简单地一律定为生产、销售有毒、有害食品罪，要根据行为特征，确定犯罪罪名，如生产有毒食品罪、生产有害食品罪、销售有害食品罪等。

对于变质、超过保质期及其他不符合食品安全要求或标准，但又需自行销毁处理的食品，应当在不违反法律法规规定的情况下，以焚烧、掩埋、毁形、染色等方式进行有效销毁，销毁所用场地与食品经营场所隔离，对问题食品的清点、存放、销毁均在专用场地内进行，食堂负责人要做好销毁记录，包括销毁的品种和数量，销毁时间、原因、方式，销毁经办人、证明人、负责人等内容，销毁记录保存期限不得少于两年。销毁过程有视频录像的，视频录像资料保存时间应当不少于三十天。

根据《中华人民共和国食品安全法》、《中华人民共和国食品安全法实施条例》、《流通环节食品安全监督管理办法》，为加强食品经营单位质量管理，严厉打击制售假冒伪劣食品活动，国家会制定一些法律法规，没收的食品一般为不合格食品，腐烂变质、污秽不洁的、包装破损和其他不符合食品卫生要求的、当检验、检疫而未检验、检疫或检验、检疫不合格的，掺杂、掺假，以假充真、以次充好、使用非食用色素或其它非食用物质加工的等等，这些食品一旦被检查都会被没收处理。

食品生产经营者应当依据法律法规的规定，对因停止生产经营、召回等原因退出市场的不安全食品采取补救、无害化处理、销毁等处置措施，食品生产经营者未依法处置不安全食品的，县级以上地方食品药品监督管理部门可以责令其依法处置不安全食品，食品要销毁的话，应该由食品生产经营者来销毁，并未提及由监管部门集中销毁，可能造成安全卫生危害的，立即向当地工商行政管理部门或相关行政监督管理部门报告，经营单位应对消费者作出食品质量承诺，并在出售食品时向消费者提供购货凭证或商品质量信誉卡。